این قضیه را آیة الله حاج آقا موسا شبیری زنجانی  دامت برکاته نقل فرمودند که خیلی برای اهلش قابل تأمل است:
محقّق کرکى دو بار به ایران آمده است[1]
یک بار در زمان شاه اسماعیل و یک بار هم در زمان شاه طهماسب به ایران آمد و مدّتى ماند.
گمان مى‏کنم درزمان شاه اسماعیل به هرات رفته بود. در آن موقع شاه اسماعیل در هرات بود. قضیه‏اى پیش مى‏آید که سبب مى‏شود از شاه اسماعیل احتراز کند: نوه ملاّ سعد تفتازانى ـ صاحب کتاب مطوّل ـ در هرات مرجع مهمّ و شیخ الاسلام سنّى‏ها بود. بعد از این که شاه اسماعیل هرات را فتح مى‏کند، دستور مى‏دهد که در حضور شاه اسماعیل علماء شیعه و علماء سنّى بحث کنند. یکى از مناظراتى که در حضور شاه اسماعیل برگزار شد، مناظره نوه ملاّ سعد بود که متعصّب بود و برخوردش با طرف مقابل خوب نبود. شاه اسماعیل دستور مى‏دهد او را بکشند. کمى بعد از آن محقّق کرکى وارد هرات مى‏شود و از آن قضیه مطّلع مى‏شود و مى‏گوید: شما کار درستى نکردید. من مى‏توانستم با براهین عقلیه و نقلیه او را قانع کنم و اگر او شیعه مى‏شد، همه هرات شیعه مى‏شدند. شما جلو ترویج دین را گرفتید[2] (محرّم 1430) 

پانوشت:

[1]. آقاى رسول جعفریان در کتاب نقش خاندان کرکى در تأسیس و تدوام دولت صفوى ص 173 در این باره مى‏نویسد: محقق به جز ملاقاتش در بغداد و عتاب مقدسه با شاه اسماعیل دو باره به ایران سفر کرد. مرتبه نخست میان سالهاى 916 تا 919 ـ و ترجیحا تا سال 918 ـ یعنى در روزگار سلطنت شاه اسماعیل صفوى. آنچه مورخان نوشته‏اند آن است که وى پس از فتح هرات (20 ماه رمضان 916) به ایران آمده است. در این باره داستان گفتگوى وى با شاه اسماعیل و اعتراض به کشتن تفتازانى را خواهیم آورد.
افندى به نقل از تواریخ فارسى نوشته است که وى در وقت دخول شاه اسماعیل به هرات، به ایران آمد و پس از شاه وارد هرات شد. (ریاض العلماء، ج 3، ص 445).
در سال 936 محقق کرکى براى بار دوم، یعنى پس از نوبه اوّل که در زمان شاه اسماعیل بوده، به ایران آمد و تا نیمه سال 939 که به عراق بازگشت، در کنار شاه طهماسب و در واقع در اردوى معلّى مستقر بود. محقّق در این سال به مجف بازگشت و رغم آن که شاه طهماسب حکم مفصّلى براى شیخ الاسلامى وى نگاشت، به دلایلى که عمده آن مى‏بایست حفظ حوزه علمیه نجف باشد، در آن شهر ماند، و درست یک سال و دو روز پس از تاریخ صدور این حکم، در نجف درگذشت. (حیاة المحقّق، ج 1، ص 165).

[2]. تفصیل داستان مخالفت محقق کرکى با کشتن علماى سنّى در کتاب نقش خاندان کرکى در تأسیس و تدوام دولت صفوى ص 178 چنین نقل شده است:
محقق کرکى در خراسان و زمان فتح هرات نزد شاه اسماعیل آمد. در این سفر، شاه اسماعیل به تلافى کشتارهایى که ازبکان از شیعیان هرات داشتند، دست به قتل عام زده و از جمله برخى از علماى سنى را هم کشت. یکى از اینان سیف الدین احمد بن یحیى بن محمد تفتازانى بود که به دستور شخص شاه اسماعیل به قتل رسید.
زمانى که محقق کرکى رسید، وى را کشته بودند و این سبب تأسف عمیق و اعتراض محقق کرکى به شاه اسماعیل شد. بهتر آن است تا داستان را به نقل از یک منبر کهن بیاوریم.
مؤلف کتاب جهانگشاى خاقان مى‏نویسد:
از وقایع ایام توقف در هرات آن که چون جمعیت علماى شیعه در آن بلده به نوعى که ه تحریر پیوست واقع شد و مکررا آن حضرت در باغ جهان آرا مجلس بر آراسته رغبت هب صحبت علما مى‏نمودند در مجلس اول کل علما در حضور اشرف به بحث پرداختند. مولانا سیف الدین احمد یحیى بن مولانا سعدالدین تفتازانى شیخ الاسلام هرات که سى سال در عهده سلطان حسین میرزا در کل ولایت خراسان به امور شرعیه اشتغال داشت و در علم تفسیر و حدیث و فقه فرید عصر بود چون سنى متعصب بود نقض علماى شیعه حرفها مى‏گفت. از این جهت شعله آتش قهرمان پادشاهى که نمونه‏اى است از غضب الهى در آن باب التهاب یافته امر به قتل او نود. همان لحظه فرمانبران آن مدبر را به چهار سوق هرات برده و به قتلش پرداختند. چند روز که از قتل او درگذشت، خاتم المجتهدین اعلم العلماء المتبحرین شیخ على بن عبدالعالى داخل دارالسلطنه هرات گردیدند. بر قتل او تأسف نموده فرمودند که اگر چه قیل او به جا بود اما اگر کشته نمى‏شد به حجت و براهین عقلیه و نقلیه او را از مذهب اهل سنت کیبانیده ساکت مى‏ساختم و از الزام او اکثر مردم ماوراءالنهر و خراسان به مذهب حق علیه اثنا عشریه اذعان مى‏نمودند. اما چون قلم تقدیر قتل او بر لوح قضا نموده بود، تأسف سود نداشت (جهانگشاى خاقان، ص 394ـ395)
در سال 936 محقق کرکى براى بار دوم، یعنى پس از نوبه اول که در زمان شاه اسماعیل بوده، به ایران آمد و تا نمیه سال 939 که به عراق بازگشت، (البته محقق کرکى دو اجازه یکى براى على بن حسین زواره‏اى با تاریخ جمادى الاولى 939 در هرات و دیگرى براى کمال الدین درویش محمد با تاریخ 939 در اصفهان در دست است که نشان مى‏دهد دست تا نیمه این سال در ایران بوده است. بنگرید: حیاة المحقق، ج 1، ص 210) در کنار میرزا بیک جنابذى هم این حکایت را آورده، چنین مى‏نویسد: بعد از کشتن وى ـ یعنى مولانا احمد بن یحیى تفتازانى شیخ الاسلام هرات، (بنگرید: میرخواند، حبیب السیر، 4/309) به دستور شاه اسماعیل و به دلیل سنى گرى او، ـ خاتم المجتهدین شیخ على بن عبدالعالى داخل دارالسلطنه هرات گردیده بر قتل وى اعتراض فرمود؛ چه اگر به قتل نمى‏رسید خدمت خاتم المجتهدین فرموده بودند که به حجت و براهین عقلیه و نقلیه وى را از مذهب اهل سنت و بدعت ملزم و ساکت مى‏ساخت و از الزام وى جمیع ماوراءالنهر و خراسان به مذهب علیّه امامیه اثناعشریه اذعان مى‏نمودند. از این جهت خدمت شیخ العارفین بر قتل وى متأسف بودند. (روضة الصفویة، ص 247 و نیز بنگرید: خاتمة المستدرک، ج 2، ص 278).